La ciudad de Puerto Madryn cuenta con dos muelles: el muelle Almirante Storni, acondicionado como puerto mineralero que sirve para abastecer a Aluar, y el Luis Piedrabuena, antiguo muelle pesquero que fue reacondicionado para recibir a los cruceros con pasajeros de distintas partes del mundo.
En temporada de verano, líneas de cruceros como Norwegian Crown, Costa y Royal Caribbean hacen parada en Puerto Madryn navegando con destino a Ushuaia, Antártida o Chile.
También cuenta con una terminal de ómnibus que recibe transportes de largas distancias desde diversas ciudades y pueblos argentinos. La ciudad posee un aeropuerto de cabotaje llamado "El Tehuelche" que opera con vuelos diarios desde Buenos Aires, y un vuelo semanal desde Ushuaia, entre otros destinos como Comodoro Rivadavia. En este aeropuerto operan Andes Líneas Aéreas y LADE.
La empresa encargada de recorrer la ciudad es Benítez Bellini S.A. radicada en Puerto Madryn desde el año 1982, que provee 6 líneas de transporte público y un servicio diferencial al puerto.